Anh trai của Inzaghi, Filippo Inzaghi, cũng là một cầu thủ bóng đá và một tiền đạo. Cũng khởi đầu sự nghiệp với Piacenza, Filippo Inzaghi đã chơi hơn một thập kỷ cho AC Milan, đá hơn 50 trận cho Italia và là thành viên trong chức vô địch FIFA World Cup 2006.[22][23]

Simone Inzaghi có một con trai, Tommaso (sinh ngày 29 tháng 4 năm 2001), với nữ diễn viên và người dẫn chương trình truyền hình Alessia Marcuzzi.[24]